
El equipo logró entrar al hexagonal final en el que ocupó el penúltimo lugar, Para el año siguiente Varacka solicitó prescindir de los indisciplinados no importando su condición de estrellas. Se mantuvo, entre otros, a Juan Carlos Delménico y Julio Comesaña y se incorporó a Roberto Cerminatto, Juan Ramón Verón, Epifanio Medina y Otmar Pellegrini.
Ese año se ganó el Apertura, pero el rendimiento del conjunto decayó para la parte final. Para el 77 salieron Medina y Pellegrini, al tiempo que llegaron César Lorea, Eduardo Solari, Camilo Aguilar, Oscar Bolaño, Carlos “Pinza” Vidal y Alfredo Arango. Otra vez Junior se coronó campeón del Apertura, con lo que obtuvo el derecho a jugar el hexagonal final.
Varacka exigió a la directiva que se le firmara un nuevo contrato para le temporada siguiente. Esta no aceptó, el “Puchero” abandonó la institución y el equipo quedó a cargo de la “Bruja” Verón. Junior hizo una impecable campaña en la final y el 14 de agosto en El Campín se consagró campeón al vencer 3-

Después de dos años difíciles regresaron al equipo José Varacka, Juan Carlos Delménico y Gabriel Berdugo. Además se contratan a Omar Alfredo Galván, Miguel Angel Converti, Oscar Fornari y Juan Miguel Tutino.
Junior ganó el Torneo Apertura y conservó un invicto de 21 fechas. Durante el Finalización el equipo reservó energías para la final los tiburones lograron clasificarse al cuadrangular definitivo junto al América, Cali y Nacional. Ante este equipo inició su ruta al título al vencerlo 2-1 en Medellín. Luego como local se impuso 2-1 al Cali y empató 1-1 con América en el Pascual Guerrero.
En la segunda vuelta venció 1-0 a los diablos rojos en el Romelio Martínez y viajó a Cali con la necesidad de empatar para consagrarse campeón. Ese partido ante los azucareros se disputó el 17 de diciembre. Cali se fue en ventaja con dos penas máximas convertidas por Willington Ortíz. Para el segundo tiempo Varacka replantea las cosas, le imprime garra a sus jugadores y la historia cambia. Junior es una tromba y descuenta a través de Carlos Molinares y cuando faltaban ocho minutos para el final, Gabriel Berdugo convierte el empate que paralizó a Barranquilla esa noche.
Al otro día hubo un recibimiento de héroes. La fiesta se prolongó hasta el domingo siguiente cuando Junior recibió, como en el 77, al Nacional al que derrotó 1-0. Al terminar el encuentro se cumplió un desfile por las calles de la ciudad con los jugadores a bordo de una máquina del cuerpo de bomberos
Junior ganó el Torneo Apertura y conservó un invicto de 21 fechas. Durante el Finalización el equipo reservó energías para la final los tiburones lograron clasificarse al cuadrangular definitivo junto al América, Cali y Nacional. Ante este equipo inició su ruta al título al vencerlo 2-1 en Medellín. Luego como local se impuso 2-1 al Cali y empató 1-1 con América en el Pascual Guerrero.
En la segunda vuelta venció 1-0 a los diablos rojos en el Romelio Martínez y viajó a Cali con la necesidad de empatar para consagrarse campeón. Ese partido ante los azucareros se disputó el 17 de diciembre. Cali se fue en ventaja con dos penas máximas convertidas por Willington Ortíz. Para el segundo tiempo Varacka replantea las cosas, le imprime garra a sus jugadores y la historia cambia. Junior es una tromba y descuenta a través de Carlos Molinares y cuando faltaban ocho minutos para el final, Gabriel Berdugo convierte el empate que paralizó a Barranquilla esa noche.
Al otro día hubo un recibimiento de héroes. La fiesta se prolongó hasta el domingo siguiente cuando Junior recibió, como en el 77, al Nacional al que derrotó 1-0. Al terminar el encuentro se cumplió un desfile por las calles de la ciudad con los jugadores a bordo de una máquina del cuerpo de bomberos
El colombo uruguayo Julio Avelino Comesaña, el mismo que en el cuadrangular final de 1992 no obtuvo ningún punto, fue ratificado en el cargo de director técnico del Junior para el año siguiente.Llegó al equipo el astro samario Carlos “Pibe” Valderrama. También se unieron al plantel Miguel Guerrero, Alexis Mendoza, Flaminio Rivas, Eugenio Uribe y Oswaldo Mackenzie. Regresó el paraguayo Adriano Samaniego y para redondear un gran conjunto para el segundo semestre del año llegó desde Italia Iván René Valenciano.
Junior quedó segundo tanto en el Torneo Apertura, como en el Finalización. En la disputa por el título se enfrentó al América, Nacional y Medellín. En la primera vuelta venció 3-0 en Barranquilla al “Poderoso de la Montaña” y 2-1 al Nacional. Como visitante perdió 2-1 con América. En la segunda vuelta igualó 3-3 en el Atanasio Girardot con Nacional en un partido que al finalizar el primer tiempo perdía 3-0. Tres días después en el mismo escenario enfrentó al Medellín y sobre la hora cayó 3-2.
El domingo 19 de diciembre recibió en un Metropolitano repleto al América que se fue arriba al finalizar el primer tiempo con gol de Alex Escobar. Para la complementaria, Junior igualó y se fue en ventaja con dos goles del “Niche” Guerrero, pero Wilson Pérez puso el 2-2 de pena máxima. Cuando ya Medellín daba la vuelta olímpica luego de vencer 1-0 a Nacional, y en Barranquilla se jugaba el último minuto, Mackenzie decretó el 3-2.
¡Junior, campeón!, ¡Junior, campeón!, fue el grito unísono que inundó el estadio. La cancha fue invadida por miles de aficionados cuando aún restaba tiempo por jugarse. La razón era justificada: finalizaban 13 años de espera.
La Dimayor aprobó jugar en el primer semestre del año un torneo de 30 fechas al que llamó Nivelación. El antioqueño Carlos “Piscis” Restrepo fue nombrado como director técnico en reemplazo de Julio Comesaña. Se mantuvo la base del equipo del 94 y se le agregó al brasileño Marcio Cruz.
La estrella empezó a tener dueño tras el partido en Barranquilla ante el América el 7 de junio. En un vibrante partido, con estadio lleno, el onceno de casa se impuso 3-2 y quedó solitario en el liderato.
En la última fecha le correspondía al Junior visitar al Santa Fe. Todo el plantel viajó a Bogotá acompañado de un buen número de aficionados. El Campín fue tomado por los hinchas costeños, pero Junior jugó un mal partido y perdió 3-1, pero aún así le alcanzó para alcanzar la cuarta estrella de su historia.
El regreso se produjo después del partido en un vuelo charter. Fue algo apoteósico y la celebración que no se llevó a cabo en la capital de la República, a causa de la derrota, comenzó en grande cuando el avión aterrizó en Barranquilla en las primeras horas de la madrugada del 15 de junio.

El 2004 fue un gran año para los Barranquilleros, teníamos sed de título desde el 95 cuando Atlético Junior de mano del Pibe Valderrama consiguió la cuarta estrella, nueve años tuvieron que pasar para que con este equipo conformado en su mayoría por jóvenes costeños, de la cantera, que aman al Junior guiados por el maestro Omar Perez, este argentino de 23 años procedente de Banfield de Argentina y Ex-Boca Juniors.
El campeonato se inició con una campaña regular de Junior, donde le iba mejor jugando de visitante que de local, donde acumuló 5 derrotas en todo el torneo, de visitante se mantuvo invicto durante todo el torneo hasta los cuadrangulares finales, cuando perdió esa racha de visitante en el Atanasio Girardot de Medellín, enfrentando al DIM y que de no haber sido por la mano del arbitro Junior sale airoso en el encuentro.
Junior se clasificó primero de su cuadrangular B al cosechar 13 puntos, producto de 3 victorias en el Metropolitano frente a Cali por 3 goles a 0, luego con Bucaramanga por 2 a 1 y finalmente en el juego que le dio la clasificación a la final venció por 2 goles al DIM, de visitante en el cuadrangular perdió el partido en Medellín, Ganó el partido en Bucaramanga y ya clasificado a la gran final afrontó con una nómina paralela al Deportivo Cali, ese partido terminó 1 x 1 ante la nómina titular de los caleños.

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